David est un jeune homme qui se retrouve sur une île au milieu de l'océan. Il ne se souvient pas comment il est arrivé là et, à travers diverses rencontres avec des personnes et des événements, réalise finalement que l'île est en fait une bulle dimensionnelle isolée du temps et de l'espace. La plupart de ce qu'il voit vient directement de son subconscient, et sa conscience est finalement amenée à comprendre le but de sa vie : arrêter la propagation des Communitrons avant qu'ils ne prennent toute la conscience humaine. Les Communitrons sont des machines qui se nourrissent de l'esprit de leurs pilotes humains (Communauts), évoluant en Homo Machinas sensibles et laissant les humains sous forme de coquilles vides ou d'humanoïdes sans cervelle.
David parvient à quitter l'île et revient à son époque avec l'aide d'Adam, un roturier, et reprend son rôle de version futuriste de Red Cross Official. Le monde dans lequel David est revenu est un immense désert radioactif où quelques mégalopoles fortifiées contiennent les vestiges d'une société humaine technologique qui se meurt lentement.
Lors d'une mission de sauvetage dans le désert, David rencontre une femme spéciale, Lucy, qui détient les clés pour comprendre l'île, les Communitrons et l'avenir de la civilisation humaine.
À travers un trou de distorsion dimensionnel déclenché par l'esprit, David rencontre le scientifique qui a conçu le plan qui détruit l'humanité.
Lucy est l'Alpha Mater, l'expérience ultime du Professeur, le premier Communitron qui a évolué en prenant l'esprit, la forme et les émotions d'un être humain. Il n'y a qu'un seul moyen de briser la spirale apparemment sans fin des Communitrons répandus, et c'est un sacrifice que David n'est pas prêt à accepter.
