El narrador, el marido de Ligeia, describe sus cualidades: una mujer hermosa, apasionada e intelectual de pelo negro y ojos oscuros, que conoció en "una vieja y ruinosa ciudad cercana al Rin". Se casan, pero después de unos años Ligeia muere; el marido, desconsolado, se muda a Inglaterra donde compra y reforma una abadía. Pronto, entra en un matrimonio sin amor con "Lady Rowena Trevanion de Tremaine, de rubios cabellos y ojos azules".
En el segundo matrimonio, Rowena empieza a sufrir de fiebre y ansiedad. Una noche, cuando está a punto de desmayar, el narrador le llena un vaso de vino. Drogado por opio, ve (o cree ver) gotas de un "líquido brillante color rubí" caer en el vaso. Su condición empeora rápidamente, y unos días después muere y su cuerpo es envuelto para ser enterrado.
Mientras el protagonista mantiene vigilia por la noche, escucha un susurro que proviene del lecho de muerte. Al detenerse a escuchar, no detecta ruido, pero más tarde vuelve a escucharlo, más fuerte. Se acerca al lecho y ve color en las mejillas, frente y párpados de Lady Rowena. Ésta muestra repetidas señales de recuperación, pero vuelve a caer en muerte aparente. Mientras él intenta la resurrección, las reanimaciones de Rowena se hacen progresivamente más fuertes, pero las recaídas, más finales. Cuando amanece, el marido está sentado y emocionalmente exhausto por la lucha de la noche; el cuerpo aparentemente muerto se mueve con tal energía que no se lo termina de creer y comienza a preguntarse si ese cuerpo es realmente de su esposa Lady Rowena Trevanion de Tremaine. Desesperado, se arroja a los pies de su esposa, estremeciéndose ésta ante el contacto, cayendo las vendas y revelando unos cabellos negros 'como ala de cuervo en la noche'. Ella abre los ojos, y el protagonista afirma: '¡en esto, al menos, jamás podré equivocarme, pues esos son, los oscuros, los hermosos ojos de Lady... de Lady Ligeia!'.
