No céu claro e azul que envolve Long Island, dois aviões colidem. Tony Stark observa a cena horrorizado, lamentando ainda não ter em mãos uma tecnologia que está quase ao seu alcance – um novo sistema de controle imediato hiperinteligente que poderia ter emitido um alerta antecipado aos aviões. Mas Stark, um recluso obsessivo cada vez mais perturbado, não sabe que sua invenção já está comprometida. Na verdade, a colisão faz parte de um plano de Arnim Zola para tomar o controle da Hidra e se livrar do Homem de Ferro de uma vez por todas. O astuto adversário se infiltrou na segurança das Indústrias Stark a fim de assumir a armadura blindada e usá-la contra Tony e a S.H.I.E.L.D. Na medida em que o Homem de Ferro se apressa para rastrear a fonte da invasão, o inimigo lança um engenhoso vírus de computador e sua arma secreta definitiva: um exército de clones assassinos inspirado no amigo mais confiável de Stark. Zola está prestes a mergulhar a cidade numa guerra que ameaça devastar tudo o que estiver em seu caminho.
