Az éjszaka közepén Luke Ellis szüleit brutálisan meggyilkolják a saját házukban, őt pedig elrabolják. Másnap Luke egy intézetben ébred egy ugyanolyan szobában, mint a sajátja, mellette pedig hasonló szobák nyílnak, bennük hasonló fiúkkal és lányokkal: mindannyian különleges természetfeletti képességekkel rendelkeznek.

A szigorúan őrzött intézményt igazgató Mrs. Sigsby egyetlen célja könyörtelenül kinyerni a gyerekek erejét, akár kínzás árán is. Ahogy sorra tűnnek el társai, Luke érzi, menekülniük kell, azonban ebből az intézetből még soha senki nem szökött meg. Elindul a küzdelem a jó és a gonosz között egy olyan világban, ahol a jók nem mindig győzedelmeskedhetnek.
Az intézet az utóbbi évek legijesztőbb és legjobb könyve a horror királyától rajongói és kritikusai szerint is. Hangulatában egyszerre idéződnek fel benne a nagy klasszikusok, a Carrie, A ragyogás, A tűzgyújtó és az Az.