Egresado de la Universidad Iberoamericana con estudios de maestría en Filosofía. Estudió Cine en el Centro de Capacitación Cinematográfica con especialización en el Advanced Computing Center for the Arts an Design (ACCAD) de The Ohio State University.
Es guionista, productor y director de cine.
A partir del estreno de su opera prima LOLO en el festival de Cannes, ha colaborado con productores, artistas y técnicos cinematográficos de México, Estados Unidos, Francia, España; Alemania y Japón.
Francisco Athié es considerado, en palabras del crítico Leonardo García Tsao, el cineasta que incorporó la animación digital en el cine mexicano.  
El lenguaje es el botín de los difuntos, tres novelas cortas escritas durante la pandemia de COVID, es su primer texto literario.